Michel Côté conduit un des plus ambitieux projets culturels d'Europe. D'envergure internationale, ce projet est connu sous le nom de Musée des Confluences. En 1999, le Conseil général du Rhône nomme Michel Côté Directeur du pôle Sciences et Sociétés, avec pour mission principale de transformer le Muséum de Lyon en un Musée des sciences et des sociétés. Il quitte alors le Québec et le Musée de la civilisation pour s'installer dans la seconde métropole française : l'agglomération lyonnaise. Au confluent de deux fleuves, le Musée devrait ouvrir ses portes à la fin de l'année 2009. Mais derrière le rêve de tenir la barre de ce majestueux vaisseau, Michel Côté fait face à de multiples résistances.